柠檬酸循环过程如下：
乙酰CoA进入三羧酸循环，乙酰CoA具有硫酯键，乙酰基有足够能量与草酰乙酸的羧基进行醛醇型缩合；异柠檬酸形成，柠檬酸的叔醇基不易氧化，转变成异柠檬酸而使叔醇变成仲醇，就易于氧化，此反应由顺乌头酸酶催化，为一可逆反应；第一、二次氧化脱羧，在异柠檬酸脱氢酶作用下，异柠檬酸的仲醇氧化成羰基，生成草酰琥珀酸的中间产物，后者在同一酶表面，快速脱羧生成阿尔法酮戊二酸、NADH和CO2，此反应为氧化脱羧，此酶需要镁离子作为激活剂；延胡索酸的水化，延胡索酸酶对延胡索酸的反式双键起作用；草酰乙酸再生，在苹果酸脱氢酶作用下，苹果酸仲醇基脱氢氧化成羰基，生成草酰乙酸；三羧酸循环式，其进入呼吸链，最后传递给氧生成水，在此过程中释放的能量可以合成ATP。
