两者的主要区别为：可可脂为纯天然的可可脂肪，而代可可脂为人工制作出来的人工可可脂肪。
可可脂是可可豆中的天然脂肪，使巧克力具有独特的平滑感和入口即化的特性，代表巧克力的含金量；而代可可脂与类可可脂等非可可脂是通过一系列人工的手段，调制出的与天然可可脂接近的味道，但口感与天然可可脂相去甚远。
天然可可脂含量高的纯巧克力，香味纯正、浓郁、入口软滑；而代可可脂为达到可可脂的口感、质地和组织状态，一般采用氢化的工艺，而这种氢化的植物油中含有大量的反式脂肪酸，而反式脂肪酸会导致冠心病、静脉硬化等多种疾病，国外的许多国家已经开始限制反式脂肪酸的使用。
